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Le rôle du microbiote intestinal dans la pratique de la naturopathie

  • Photo du rédacteur: NaturoSo
    NaturoSo
  • 21 mai 2024
  • 8 min de lecture

Savez-vous que les bactéries qui vivent dans nos intestins représentent entre 1 et 2 kilos du poids total d’un adulte ?

En comparaison notre cerveau, à l’âge adulte pèse en moyenne 1,4 kg.


Ce n’est pas pour rien que nos intestins sont considérés comme notre « deuxième cerveau »

Le microbiote intestinal contient 1014 sortes de bactéries soit 10 fois plus que de cellules dans notre corps.

1g d’excrément contient plus de bactéries qu’il n’y a d’êtres humains sur terre.

Mais loin de nous être hostile, le microbiote est notre indispensable allié.


le microbiote intestinale en naturopathie

C’est quoi le microbiote

Ce mot vient du grec micro et biote. On pourrait traduire en « petits êtres vivants »

Le microbiote intestinal est l’ensemble des micro-organismes ou microbes qui peuplent notre intestin. Il en existe des bénéfiques et des pathogènes. La plupart de ces bactéries sont bénéfiques. Cependant, un microbiote appauvri favorise la prolifération des pathogènes, entraînant des déséquilibres.


Chaque personne possède sa propre flore, qui sera composée en fonction de différents paramètres comme son alimentation, son mode de naissance, sa zone géographique…


Nos chers hôtes sont :


  • Des bactéries,

  • Des virus de bactérie ou bactériophages,

  • Des virus humains,

  • Des champignons,

  • Des protozoaires (organismes unicellulaires approchant le millimètre pour les plus gros, exemple oxyures, amibes).


Le microbiote comprend :


  • Des espèces dominantes, acquises au moment de la naissance. Elles représentent environ 90 % de la flore.

  • Des espèces sous-dominantes ou rares. Elles doivent rester en quantité mineure comme streptococcus.

  • Des espèces transitoires ou fluctuantes. Elles comprennent différentes bactéries comme le Candida.

L’allaitement maternel a une influence sur la composition du microbiote. Il se stabilise vers 2 ou 3 ans (parallèlement à la maturation du système immunitaire) mais il évolue au cours de notre vie : du nourrisson au jeune adulte puis au centenaire.

Son équilibre reste fragile et peut être affecté par différents facteurs comme une alimentation inappropriée, du stress, une consommation excessive de médicaments, d’alcool, de tabac, de certaines maladies ou encore l’âge.


Le déséquilibre, ou dysbiose, se manifeste par :



flore intestinale saine et dysbiose

● Une augmentation du nombre de bactéries pathogènes ;

● Un déclin du nombre de bonnes bactéries ;

● Une diminution de la diversité du microbiote.


Ce déséquilibre est favorable au cancer, à l’autisme, à l’obésité et à de nombreuses maladies chroniques.

Les conséquences impactent également le cerveau car en cas de porosité les microbes ou germes passent la barrière hémato encéphalique. Cela explique qu’un certain nombre de dépressions pourraient être améliorées ou même soignées en s’occupant de l’intestin.


La localisation

Tous ces gentils petits organismes sont répartis sur l’ensemble du système digestif (de la bouche à l’anus).

Leur concentration est maximale au niveau du côlon. Ils sont très peu présents dans l’estomac, car son acidité rend ce milieu hostile pour eux.


L’axe cerveau intestin


échange d'information entre le cerveau et les intestins

Il est constitué par le nerf vague qui assure la communication entre les deux. On trouve davantage de neurones dans notre ventre que dans le cerveau.

Cela explique l’influence de notre intestin sur notre état émotionnel. La qualité de notre alimentation que nous fournissons à notre flore intestinale aura ainsi des conséquences sur notre bien-être.

Selon les travaux de l’équipe de Gérard Eberl, un microbe nommé Lactobacillus plantarum améliore l’absorption par le microbiote de l’acide arachidonique provenant de l’alimentation, et pourrait en conséquence atténuer des symptômes dépressifs. C’est ce qu’on appelle un « psychobiotique »


Les nombreux bienfaits du microbiote


  • Il influence le développement du cerveau et améliore la gestion du stress.

  • Il permet la maturation du système immunitaire et inhibe les réactions allergiques. C’est notre intestin qui abrite 80 % de notre système immunitaire.

  • Il empêche la colonisation de l’intestin par des bactéries infectieuses grâce à un phénomène de compétition et en libérant des substances bactéricides ;

  • Il participe à la synthèse de vitamines et produit des acides gras à chaînes courtes qui sont une source d’énergie pour les cellules du colon, les reins et les muscles.

  • Il inhibe la prolifération des cellules cancéreuses du colon, améliore l’étanchéité de la paroi intestinale ainsi qu’une bonne épaisseur de la muqueuse, diminue l’inflammation intestinale etc.

  • Il facilite l’assimilation des nutriments grâce à un ensemble d’enzymes ;

  • Il détruit des toxines et certains médicaments. Il a un rôle de détoxication au même titre que le foie ;

  • Il augmente la solidité des os.


C’est donc tout un système de reconnaissance, de contrôle, d’équilibre et de cohabitation qui est mis en place. La muqueuse intestinale est par conséquent en grande partie responsable de notre bonne santé. Les chercheurs pensent que 90% des maladies sont liées à une perturbation du microbiote intestinal.


Le tryptophane ou « l’hormone du bonheur »


Le tryptophane est un acide aminé essentiel, précurseur de la sérotonine, provenant des protéines qui proviennent de notre alimentation. Il régule l’humeur, le sommeil et l’appétit entre autres. Une flore intestinale pauvre produit que peu de tryptophane.


tryptophane l'hormone du bonheur

Les ennemis du microbiote


  • Une alimentation pauvre en fibres

  • Les protéines du lait

  • Les médicaments (antibiotiques, antiacides, antifongique, corticostéroïdes…)

  • Le sucre et les édulcorants nourrissent les mauvais micro-organismes intestinaux et perturbent l’équilibre microbien

  • Le tabac,

  • La fatigue,

  • Le stress,

  • Une hygiène excessive ou inadaptée : L’usage intensif de savon et du gel hydroalcoolique provoque une hécatombe dans notre microbiote, favorisant ainsi la prolifération des levures et des champignons genre candida.


Le problème des antibiotiques


L’usage répété et inapproprié d’antibiotiques perturbe notre microbiote. Bien qu’essentiels dans le traitement de certaines infections, ils ont un impact destructeur car ils éliminent indistinctement les bonnes bactéries et celles pathogènes.

Après une prise d’antibiotiques, il y a ce qu’on appelle une résilience du tube digestif. C’est un problème, surtout pour les enfants qui ont un tube digestif qui n’est pas encore mature. L’enfant risque fort d’avoir une dysbiose à vie.

Une étude publiée dans la revue « Nature Communications » souligne que l’usage d’antibiotiques peut altérer le microbiote pendant plusieurs mois, voire des années. Cette perturbation peut avoir des répercussions notables sur l’immunité, augmentant le risque de certaines affections comme les allergies ou les maladies auto-immunes.


Refaire sa flore après une antibiothérapie


Prendre des probiotiques pendant 10 à 12 jours à distance de deux heures avec la prise d'antibiotique. Les souches Lactobacillus helveticus candisis et Lactobacillus gasseri jouent un rôle préventif sur les infections urinaires récidivantes, les candidoses ou encore les infections à Helicobacter pylori.


À faire juste après la fin du traitement.


  • HE de thym à thujanol Thymus vulgaris L. Thujanoliferum 1 goutte

  • HE de menthe poivrée Mentha piperita L. var. piperita 1 goutte

  • Essence de citron Citrus limonum 1 goutte

  • Huile végétale d’olive ou de pépins de raisin 1 c. à soupe

Posologie : Déposer sur une boulette de pain ou un cachet neutre et avaler matin et soir à la fin du repas pendant trois semaines.

Contre-indiqué chez la femme enceinte et allaitante, les enfants de moins 6 ans, les personnes épileptiques, en cas d’insuffisance hépatique.


Le stress et les émotions


femme stressée qui hurle

Le stress chronique libère du cortisol. Il modifie la motilité intestinale et la composition bactérienne de l'appareil digestif. Cela entraîne une inflammation qui peut aboutir à :


  • Des reflux gastriques,

  • Un syndrome du côlon irritable,

  • Des pathologies auto-immunes

  • Une baisse du système immunitaire.


Comment la naturopathie peut-elle prendre soin de notre microbiote ?


En naturopathie, il existe plusieurs méthodes pouvant être utilisées pour optimiser la santé de notre microbiote. Parmi celles-ci, un rééquilibrage alimentaire, la phytothérapie, l’aromathérapie, la gemmothérapie et l’activité physique.

Ainsi que quelques habitudes de vie à prendre pour notre confort intestinal.


L’alimentation :


Elle a un rôle primordial pour l’équilibre de notre flore.

Nos anciens avaient des microbiotes plus diversifiés que les nôtres. En cause notre alimentation trop riche en sucre et en graisse, trop raffinée et pauvre en fibre. La révolution alimentaire a été si rapide que notre flore n’a pas eu le temps de s’adapter et ne sait pas reconnaître cette nourriture.


Alors comment aider notre flore intestinale ? Il faut consommer :


  • Des amidons résistants (châtaignes, haricots blancs, banane…)

  • Des glucides complexes (pain complet, pâtes complètes, riz complet...).

  • Des fructanes (ail, chicorée, pissenlit…)

  • Des béta-glucanes (orge, avoine, shiitaké…)

  • Des fibres aussi appelées prébiotiques (légumes et fruits frais, les céréales complètes et les légumineuses). Ils agissent comme nourriture pour les bactéries bénéfiques de notre microbiote, favorisant leur développement.

  • Des probiotiques, qui sont des micro-organismes vivants, qui aide à rétablir la diversité et l’équilibre du microbiote après une perturbation. (Le yaourt, les fromages à pâte persillée tels que le roquefort ou le bleu.)

  • Des aliments fermentés, riche aussi en probiotiques. (La choucroute, le kéfir, le kombucha, le tempeh, le miso).

  • Des antioxydants de la famille des polyphénols (les fruits rouges, le chocolat noir, l’huile l’olive, le thé vert).

  • Des oméga 3, un acide gras essentiels (huile de colza, les noix, les graines de chia ou de lin, ainsi que dans les petits poissons comme les sardines).

  • Des épices qui aident à réduire les bactéries néfastes (curcuma, gingembre, cannelle)


Cas particuliers : régime végétarien, végane ou sans gluten


régime végétarien, végane ou sans gluten

Ces types de régimes alimentaires peuvent influencer notre microbiote. Cela n’est pas nécessairement mauvais. Il est capital de consulter un professionnel de la nutrition pour vous conseiller sur la gestion de ces régimes particuliers.

Pour les personnes suivant un régime sans gluten, le défi sera de conserver un apport suffisant en fibres alimentaires.

Les régimes végétariens et véganes peuvent avoir un impact positif sur le microbiote grâce à leurs apports élevés en fibres. Cependant, il est essentiel que ces régimes soient bien équilibrés et diversifiés.


La phytothérapie


  • L’aloe vera 

Stabilise et stimule la sécrétion de mucus protecteur de notre intestin, jouant ainsi un rôle dans le traitement de la dysbiose intestinale, notamment dans les protocoles contre le Candida albicans.


  • L’argile verte

Très efficace pour calmer les douleurs dues aux excès d’acidité, crampes et ballonnements, l’argile verte agit sur la cicatrisation.


  • Le pollen frais de ciste

Constitué de caroténoïdes reconnus pour leurs effets anti-inflammatoires et réparateurs sur les muqueuses enflammées.


  • Le thé vert

Il protège nos entérocytes contre les oxydants.


  • Les graines de psyllium

Elles contiennent des fibres alimentaires qui, lorsqu'elles sont mélangées avec de l'eau, forment une masse gélatineuse qui fonctionne comme un laxatif doux et stimule le transit intestinal.


  • La fumeterre

Favorise la production de bile afin de soulager les symptômes de l’indigestion.


  • La Mélisse

Favorise le bien-être digestif et l’équilibre du transit.


  • Le bouillon-blanc

Apaise les maux de ventre de type irritatif (colite).


L’aromathérapie


Les huiles essentielles riches en phénols exercent une action rééquilibrant de la flore.


  • La cannelle de Ceylan

Elle est anti-infectieuse et as des propriétés spasmolytiques, antalgiques et toniques.


  • L’origan vulgaire

Cette huile contient un puissant phénol qui s’attaque aux biofilms formés par la famille candida par exemple.


  • Le thym à thymol

C’est un tireur d’élite contre les bactéries pathogènes. Il est aussi antiviral, antifongique et antiparasitaire.


  • La menthe poivrée

Facilite la digestion et le confort intestinal.


  • Orange douce

Elle limite le développement des “mauvaises bactéries”, mais favorise celui des “bonnes bactéries”.


  • Patchouli

Elle a une fonction de prébiotique, c’est-à-dire qu’elle favorise la croissance des “bonnes bactéries”.


À ne pas les utiliser plus de trois semaines consécutives. Faire une pause d’au moins une semaine entre deux cures. Si les symptômes persistent prenez conseil auprès d’un professionnel.


Gemmothérapie


gemmothérapie bourgeon de noyer microbiote intestinale

Le bourgeon de noyer

En cas de dysbiose ou suite à un traitement antibiotique, prendre 5 à 10 gouttes (suivant les laboratoires) matin et soir pendant 21 jours.

Le bourgeon de noyer apparaît comme un grand protecteur de la muqueuse intestinale en exerçant une action anti-inflammatoire.


L’activité physique


En 2020, une étude de l’Université de l’Illinois, a démontré que le sport à un impact positif sur le microbiote intestinal. L'analyse a montré que les personnes ayant une meilleure condition cardiovasculaire avaient aussi une plus grande diversité du microbiote intestinal.

La pratique d’une activité sollicitant le cardio et les muscles favorise l’absorption des nutriments. De plus, un renfort de la zone abdominale peut vous aider à préserver un bon transit intestinal.

Vous pouvez donc pratiquer au choix :


  • La course à pied

  • La marche

  • La randonnée

  • Le vélo

  • La natation


Les habitudes de vie


  • Éviter de sur laver les légumes ;

  • L’été, faire un jardin (la terre contient des milliards de bactéries bonnes pour notre microbiote) ;

  • Permettre aux enfants de se salir en jouant dans la terre ;

  • Marcher pieds nus dans l’herbe ;

  • Se rendre souvent dans la nature et dans des parcs.



En conclusion

Il nous est donc impossible de vivre sans nos bactéries. Nous leur offrons le gîte et le couvert, de la meilleure qualité possible, et ils nous offrent en contrepartie leur protection. Il est dans notre intérêt de maintenir ce fragile équilibre pour notre santé physique et psychique.


Si vous avez des questions, n’hésitez pas à me les poser à :


Ou consulter mon site :


Je me ferais un plaisir de vous répondre


Attention : Mes séances ne remplacent en aucun cas les consultations médicales et ne dispensent pas de traitements médicaux éventuellement suivis.


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